长期从事微生物源农药及生物化工研究和技术开发
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沈寅初先后主持开发了井冈霉素、7051（阿维菌素）等生物农药产品，为中国生物农药工业的建立奠定了基础；研发成功了微生物催化法生产丙烯酰胺技术，建立了中国第一套利用生物技术生产大宗化工原料的工业化装置，开创了生物催化在化工行业中应用的先河。沈寅初在中国井冈山地区土壤中发现防治水稻纹枯病的农用抗生素——井岗霉素；完成“七五”攻关项目杀螨抗生素浏阳霉素的开发研究，并实现产业化；完成上海市科委重点农蓄两用生物杀虫剂——灭虫丁的研究，在全国多家工厂投产生产，成为中国主要的农畜两用杀虫药，在日本研修期间和日本理化所建立了长期合作开发农用抗生素，任中方负责人，成为改革开放后国家科委最早的一批实质性的科技合作项目，项目组发现了七个抗生素；主持“七五”、“八五”国家科技攻关项目“微生物法生产丙烯酰胺”；2002年，进行微生物法生产丙烯酰胺万吨级工业化技术开发。
