王超参与全国水功能区划、太湖水污染治理、江苏等省部分城市水环境改善的相关科研与工程建设工作，成果与成效显著 。王超的主要学术成就包括：一、不同水动力条件下污染物输移模型及水质改善的系统控制工程：针对不同水动力条件下污染物输移过程复杂和常规水处理措施难以改善流域水环境质量的实际情况，开展水质系统控制工程科技研究，建立了污染物时空变异与流域生态特征相耦合的模拟模型，解决了流域水质控制工程建设的优化布置问题；发展完善了河流—湖泊水量、水质耦合模型，为利用水动力条件改善水质和区域水力调控工程建设提供科技依据；揭示了土壤饱和与非饱和条件下污染物时空变化过程，建立耦合模型，为地下水资源开发利用和保护提供技术支持；建立了多孔排放近、远区耦合模型，解决了城市尾水排放工程中的关键科技问题；研发了利用水利工程与生态工程协同长效改善水质的关键技术。二、城市水生态系统建设与管理及其工程应用：针对中国城市水利工程建设功能单一、水质不断下降和水生态系统日益退化等突出问题，开展综合整治工程的科技研究，提出了“水安全、水环境、水景观、水文化、水经济”五位一体的城市水生态系统建设模式，解决了城市水利工程建设中长期存在的行洪、环境、景观和文化建设以及经济开发严重分离的突出问题，实现城市河湖综合功能的充分发挥；研发满足城市与流域防洪、排涝、供水、生态用水和水质保障要求的区域水系规划建设技术系统，解决了城市与流域水系相协调的关键工程科技问题；建立了城市适宜水面面积和水面组合形式的工程科技体系，创造性研发出全国城市适宜水面面积比例等值线图，为科学地确定城市水面面积提供依据；研发了满足防洪、输水、净污、生态功能要求的河湖基质、边坡和沿岸景观工程建设的关键技术。三、水资源保护和水污染治理技术及其应用：针对中国水资源保护理论技术缺乏、水事纠纷不断、保护管理手段有限等突出问题，开展水资源保护和治污工程的科技研究，构建了水资源保护的理论及技术体系，发展完善了全国水功能区划科技内容，形成了一级划分的五个功能区和二级划分的十个功能区，为处理水资源开发利用与可持续发展关系、解决行政边界水污染纠纷矛盾、制定生态受损区恢复方案和协调各用水部门关系提供科学依据和技术支持，实现了全国水资源保护和管理的突破；建立了不同时空尺度条件下水域纳污能力的计算模式，发展完善了污染物容量总量理论和方法，为水质管理提供科技支持；建立了生态河道建设的成套工程技术系统，主持多项生态型河道工程建设的规划设计工作；主持起草了全国《水源地水质标准》和《水源地保护规范》，为全国饮用水水源地保护和管理提供依据。