主要从事裂谷构造、青藏高原及周缘造山带的变形构造、造山作用及造山机制研究
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许志琴首先将构造地质学的几何学、运动学、动力学及定量分析运用在青藏高原和中国造山带的研究中，厘定了中国50余条大型韧性剪切带，奠定了西部若干造山带变形构造体制的研究基础，1987年首次发现大别山超高压柯石英矿物，在青藏高原碰撞动力学及造山机制等方面提出了一系列的重要思想和理论。最早在中国实施“大陆动力学”计划。中国大陆科学钻探工程已于2005年竣工，在中国国内外产生重要影响。
