尚永丰多年来开展基因转录调控的表观遗传机制和乳腺癌/子宫内膜癌发生发展的分子机理的研究，其主要学术成就概括为以下三方面：一、为基因转录调控的理论增添了新的内容，创立了新的技术方法， 提出并验证了雌激素受体转录复合体在靶基因启动子上循环结合的假说，研究成果发表于《Cell》等杂志，被学术界认为是该领域的经典（classical）和代表（seminal）之作；揭示了组蛋白修饰在基因转录调控中相互作用的机理，研究成果发表于《Cell》等杂志，为认识表观遗传调控机制做出了贡献；揭示了“先锋因子”（pioneering factor）发挥“先锋”作用的分子机理，研究成果发表于《Nature Genetics》等杂志，为表观遗传理论增添了内容; 建立了哺乳动物细胞染色质免疫沉淀（ChIP）技术，为研究表观遗传学，特别是蛋白质—DNA的相互作用作出了贡献。该技术广泛应用于表观遗传学的研究。二、揭示了乳腺癌及子宫内膜癌发生发展的分子机理，研究成果发表于《Nature》《Science》等杂志，为乳腺癌和子宫内膜癌的治疗和预防提供了新的思路，为肿瘤分子生物学的理论发展作出了贡献。三、克隆、鉴定了多个新的表观遗传调控因子，研究成果发表于《Molecular Cell》《Cancer Cell》等杂志，为恶性肿瘤预警、诊断、治疗和药物筛选提供新思路和新靶标。