喻树迅提出了中国短季棉区划和短季棉育种目标，缓解了中国粮棉争地矛盾，促进了棉花稳产高产；研究转基因技术，主持建立上、中、下游合作机制，培育系列具有自主知识产权的转基因抗虫棉品种，基本控制了棉铃虫的暴发为害；主持973计划项目，开展棉纤维发育基础理论研究，成功将海岛棉优质基因片段转移到陆地棉中，大幅提高了陆地棉纤维品质；发起棉花基因组中美联合测序，完成亚洲棉（A基因组）、雷蒙德氏棉（D基因组）和陆地棉（AD基因组）测序工作，为棉花功能基因组学研究和分子改良奠定了基础。