冯士筰与合作者提出了超浅海风暴潮理论和数值预报模型；主持完成了国家“七五”和“八五”重点科技攻关风暴潮专题。提出了一种拉格朗日余流和长期物质输运的理论模型，建立了以拉氏时均速度的最低阶近似—物质输运速度来体现浅海环流速度基本场的新理论框架，导出了浅海潮生—风生—热盐环流基本方程组，建立了一种新型的长期输运方程。与合作者提出的新型长期输运方程式已用于美国Chesapeake湾时均盐度场以及富营养化问题和渤海营养盐、初级生产问题等的模拟和预测建立的斜压浅海环流方程组应用于渤海、黄海、东海环流的数值模拟和机制研究。