金亚秋提出了自然地表全极化电磁散射的理论建模、数值与成像模拟、特征参数反演与目标重构，形成了“空间微波遥感全极化电磁散射与定量信息”的系统理论；发展了“自然介质矢量辐射传输理论”、及其在地球环境星载微波遥感、探月与深空探测等领域的应用；发展了“复杂背景环境与特征目标复合电磁散射”的理论建模、数值模拟的计算电磁新方法。获国家自然科学奖二等奖、国家教育部自然科学奖一等奖、上海市科学进步奖二等奖、国家教育部自然科学奖二等奖、全国优秀科技图书奖一等奖、教育部自然科学奖一等奖（2次）、国家自然科学奖三等奖。