樊嘉首创肝癌合并门静脉癌栓多模式综合治疗技术，使合并门静脉癌栓的晚期肝癌由“不可治”变为“部分可治”。提出肝癌肝移植“上海-复旦标准”和移植后转移复发防治综合策略，明显提高了肝癌病人移植术后生存率。系统解析了肝癌转移复发微环境调控分子机制，建立了肝癌早诊及转移复发预测模型，并实现多项临床技术转化。2022年，复旦大学（附属中山医院）肝癌研究所樊嘉院士团队研究发现，干扰素α可通过纠正糖代谢失衡的方式重塑肿瘤免疫微环境激活免疫应答，克服免疫检查点抑制剂治疗（ICB）耐药，并提出两者联合治疗肝癌的新策略。