吕建在软件基础理论与方法、网构软件方法学和新型软件平台及其应用方面取得系列成果。提出了一种具有模型裂变能力的形式化开发方法，其数据分解新机制可用于大型程序开发的复杂性控制。研究了开放环境下软件系统的范型、方法与技术等问题，提出了基于Agent的网构软件方法学，探索了面向Internet软件方法学研究的新途径。发展了开放环境下的软件协同技术，主持研制了新型软件协同平台，可为开放、动态、多变环境下应用系统的开发与运行提供支撑。