主要从事纳米材料与结构、单分子物理与化学、扫描隧道显微学的研究
侯建国的研究成果“化学键分辨的单分子成像”，“单分子自旋态的选键控制”，以及“亚纳米分辨的单分子拉曼光谱”先后三次入选两院院士评选的年度中国十大科技进展。
