徐祖信长期致力于城市重污染河流治理，提出了城市重污染河流“全系统耦合调控治理”的技术思想。徐祖信一直致力于城市河流污染综合治理，长期深入工程一线，研究揭示中国城市河流污染有别于欧美国家的污染成因和主要问题。充分发挥环境、水力、市政三个学科交叉优势，创新了系统、协同、耦合治理的技术体系。针对高效治污，研发混接污水特征流量溯源追踪和管网与河网协同控污技术，创新输入型污染简便经济检测和高效净化技术，这是发展中国家河流污染治理面临的难题。她还针对生态自净，突破河流氧化性调控技术瓶颈，建立流量与容量协同调控模型，攻克无需额外能量提高复杂河网自净容量的国际性难题。针对系统治理，她发明城市管网溢流污染晴天和雨天耦合控制装置，突破农村污水单级人工湿地脱氮技术瓶颈，研发雨天黑臭治理核心技术，这是发展中国家河道水质稳定改善的关键。徐祖信在同济大学领衔并参与重大技术攻关，在苏州河水环境综合治理中发挥重要作用。在各方面的共同努力下，苏州河治理成为国际上重污染河流治理的范例。