方滨兴的研究领域主要是网络与信息安全的理论与技术，侧重点在于信息安全体系框架的研究、网络协议分析技术、IPv6技术、网络应急处理技术、系统灾备技术、入侵检测技术、honey-net技术、计算机病毒技术、信息捕获与分析技术、高效文字匹配算法研究、网络健壮性研究、网格计算及其安全技术。1989年方滨兴开始研究计算机病毒防御技术，并于1992年出版《计算机病毒及其防范》专著，20世纪90年代末从事计算机安全事件入侵检测方面的研究工作。1999年提出建设国家信息安全基础设施的理念，并组织建设了相关系统，为保障国家信息安全工作奠定了坚实的技术基础。