崔铁军在计算电磁学及其快速算法、大型军用目标的精确电磁仿真、目标特性与目标识别、电磁逆散射与电磁成像、埋地散射体的探测与成像、微波毫米波天线与电路的全波分析、新型电磁媒质及其物理特性研究等方向上做出了系统而深入的研究，取得了一批创新性成果。研制出具有自主知识产权的高频电磁散射国家代码（NESC）软件和精确全波电磁仿真软件（FASTEM），可以对飞机、汽车、坦克等军用目标进行快速、精确的电磁仿真。2009年12月31日，《科学时报》头版头条以《我国科学家验证“光学黑洞”理论》为题报道了崔铁军的课题组在“电磁黑洞”研究上取得的重要进展——首次使用构建的实验装置模拟了微波频段的“电磁黑洞”，并在微波频段实验验证了普渡大学科学家提出的“光学黑洞”理论方案。2010年6月1日，崔铁军课题组最新科研成果——《用新型人工电磁材料实现的三维隐身地毯》论文在《Nature Communications》正式发表。2012年12月17日，美国国家科学院院刊（Proceedings of the National Academy of Sciences）在线发表了崔铁军的课题组和西班牙Universidad Autonoma de Madrid的F. J. Garcia-Vidal课题组合作的关于柔性可共形的表面等离极化激元（SPP）的研究成果。2014年，崔铁军在《Light: Science and Applications》上首次提出用数字编码表征超材料的新思想，并研制出第一个现场可编程超材料，开辟了信息超材料新方向。
