主要从事特殊高分子的表征、高分子链的构象变化和组装以及高分子凝胶方面的研究
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吴奇测定了聚四氟乙烯的分子量分布和链构象，观察到高分子线性长链可随溶剂性质而变化。从伸展的无规线团蜷缩成稳定的单链小球，揭示了链折叠不是一个“全有或全无”的过程以及存在着一个“融化球”状态。对高分子链的组装聚集体的稳定机理提出了一些独特的见解。1996年，吴奇在国家自然科学基金委杰出青年基金资助下，在中国科学技术大学建立了大分子胶体和溶液实验室，并开展有关大分子物理和胶体化学方面的研究。
