主要从事计算机信息系统、密码工程、信息安全体系结构、系统软件安全（安全操作系统、安全数据库等）、网络安全等方面的研究工作
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沈昌祥在信息工程与计算机安全领域中，研制成功海陆兼容的信息处理系统、保密通信电报网络系统，并主持研究计算机安全操作系统，先后完成了重大科研项目二十多项，取得了一系列重要成果和突破性进展。这些成果在信息处理和安全技术上有重大创造性，多项达到世界先进水平，在中国全军广泛应用，使中国信息安全保密方面取得进展。沈昌祥先后研制成功全计算机自动化处理的密码装备系列机、全军密码电报传真网络系统；推出以密码为基因免疫的智能安全卡，建立了主动免疫可信计算体系；致力推动基础软硬件国产化和国家信息安全等级保护制度；长期为国家网络安全重大事项提供咨询论证和把关指导。开创了中国机要密码工作自动化、网络化和智能化的新里程。负责起草了首个“国家信息安全规划”。
