构建并完善了中医体质学、中医男科学、中医藏象学、中医腹诊学四大学术体系，开拓了中医原创思维、中医未病学等新的学科领域
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根据2022年2月中国工程院网站显示，王琦从事中医体质研究41年，发现中国人九种体质类型及体质和疾病相关性。创立中医体质学新学科，制定中国首部体质分类行业标准，创建体质辨识法，为中医科学创新成果进入国家公共卫生体系的历史性突破。开创中医男科学，首创调整体质治疗男性不育、男性勃起功能障碍等疾病，研发国家三类新药2项。
