周仲瑛对多种急性外感热病、内科急难病证等有着研究和临床辨治经验。周仲瑛在内科学体系上，提出了脏腑为内科疾病系统分类的基础，并据此编写出内科学总论—辨证施治纲要，对临床专业化起到了先导作用；在急症研究方面，他概括急症的基本病理特点为内外合邪、大实大虚、多脏同病，强调风火热毒等病理因素的作用，构建了中医内科急症学学术体系；在疑难病症研究方面，重视痰瘀火毒的致病作用，以病理因素为线索，以脏腑病机为核心，阐明虚实补泻、标本缓急、复合立法的具体应用及其相互关系，系统概括疑难病的病理特点和辨证施治规律。