主要从事中药资源和分子生药学的研究工作
黄璐琦作为中国中药资源普查试点工作专家指导组组长，牵头编制了《全国中药资源普查技术规范》，组织实施第四次全国中药资源普查试点工作；提出并发展了“分子生药学”和道地药材形成的理论；建立了珍稀濒危常用中药资源五种保护模式和中药材鉴别新方法，使分子鉴别方法首次收载于国家药典。
