卢耀如建立了岩溶发育与工程环境效应系统理论，参与实践及指导水利水电、铁道、矿山及城镇工程勘测研究；指导长江、黄河和珠江等流域上水利水电枢纽及铁道长隧洞等大型工程勘测、研究与基础处理工作，取得一系列经济与社会效益。提出地质生态环境新认识，推动了西南地区脱贫与可持续发展。研究地质灾害，为防灾兴利提供决策依据  。2003年7月，已在同济大学工作的卢耀如针对上海地区建设工程中地质环境与地质灾害的有关情况以书面形式向上海市领导提出了建设性意见，市委书记陈良宇和副市长杨雄对此分别作了重要批示。