崔俊芝早年从事有限元方法研究， 1964年初研制出中国第一个平面问题通用有限元程序，解决了刘家峡大坝的复杂应力分析问题；1973年首先揭示了接触体内的应力状态与加载路线的相关性，有效地解决了龚咀大坝带缝运行和运行中加固等多个工程的复杂结构应力分析难题。20世纪80年代以来主持并参加研制了“通用有限元程序系统（FEPS）”、国家攻关项目“建筑工程设计软件包（BDP）”、国家自然科学基金项目“有限元方法软件环境”等；同时针对科学和工程应用软件研制的方法论，提出了一种算法自适应组织的方法和系统构造模式。他还针对复合材料性能预测及其结构的分析问题，发展了一种宏观结构和细—微观构造相耦合的、材料与结构—体化分析的高阶多尺度分析方法。