龚晓南在1992年出版的第一部复合地基专著《复合地基》中首次提出了广义复合地基理论框架和系统的复合地基理论体系，并于2002年出版了《复合地基理论及工程应用》，进一步发展了广义复合地基理论。2003年主编出版了《复合地基设计与施工指南》，促进复合地基技术应用。在水泥土桩荷载传递机理，强夯和强夯置换法、真空预压法加固地基机理等领域的研究成果推动了地基处理技术的发展。在软粘土力学、基坑工程、土工计算机分析、施工对周围环境影响、既有建筑物地基加固和纠倾等领域开展了研究工作，并将研究成果应用于工程实践。他将本构理论、滑移线场和极限分析法在土工中的应用融为一体，编著《土塑性力学》，促进了塑性理论在土工中的应用。他主编出版《深基坑工程设计施工手册》，主持杭州大剧院等数十项深、大基坑工程设计，提高了中国基坑工程设计水平。他所著的《高等土力学》，主编《土力学》和《土工计算机分析》，促进了土力学学科发展和土工计算机分析水平的提高。